Werner Ciba sammelte erste musikalische Erfahrungen im Konzertchor der Regensburger Domspatzen und wurde von Domkapellmeister Georg Ratzinger bereits als 17-Jähriger mit der Leitung der Choralschola der Regensburger Domspatzen betraut. Er studierte an den Musikhochschulen in Frankfurt und Würzburg u. a. bei Helmuth Rilling. Seit 1988 ist Werner Ciba Dozent für Chorleitung und die musiktheoretischen Fächer an der Universität in Koblenz.