studierte Kirchenmusik, Musiktheorie und Orgel in Würzburg (Tonsatz bei Zsolt Gárdonyi), Stuttgart und Wien. Er ist Domorganist am Dom St. Peter in Regensburg, Professor für Orgel an der Hochschule für kath. Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg, die er von 2003 bis 2011 als Rektor leitete, und Orgellehrer bei den Regensburger Domspatzen. Internationale Konzerttätigkeit und Gastdozenturen für Orgelimprovisation ergänzen sein Wirkungsfeld. Stoiber ist auch als Komponist und Buchautor tätig.
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